Transcurriendo el año de 1885 ya se tenía la existencia de una fuerza con responsabilidades en el ámbito marítimo. Durante el Gobierno de Policarpo Bonilla se adquieren las primeras dos embarcaciones que fueron bautizadas con los nombres de: 22 de Febrero y Tatumbla. Posteriormente el Vapor Hornett. Entre 1910 y 1950, se contaba con las embarcaciones siguientes: Honduras, Vapor General Barahona, Tigre, Guardacostas General Carias, Zambrano, Búfalo, Vapor Víctor, Guardacostas Cabañas y Lempira. El propósito de adquirir estas embarcaciones fue para controlar el tráfico y el comercio marítimo en el sector Atlántico y Pacífico nacional.

Ante la necesidad de establecer un Servicio de Guardacostas en el sector Atlántico del País, se crea según Acuerdo No. 193 del 20 de Abril de1964 el Primer Destacamento de Botes Hondureños, con dos oficiales y once miembros de tropa de las Fuerzas Armadas en donde actualmente funciona la Base Naval de Puerto Cortes.

En 1964, llegaron dos lanchas patrulleras: Oswaldo López Arellano, O.L.A. y Andres Ramirez Ortega, A.R.O. El 05 de junio de 1964, se establece el Primer Destacamento de Botes Hondureños en Puerto Cortes, el cual toma la categoría de Base Naval el 25 de Junio de 1976.

El 01 de Agosto de 1976, nace la tercera rama de las Fuerzas Armadas, mediante el acuerdo organizacional No. 0725, con la misión constitucional de proteger el espacio marítimo, fluvial y lacustre de nuestro país.

El Destacamento Naval en Amapala, comenzó a ejercer soberanía en el Mar Pacifico y Golfo de Fonseca a partir del 20 de abril de 1979, siendo elevada a Base Naval el 24 de Octubre de 1980.

El 31 de enero de 1983 se funda en Puerto Cortes, la Escuela Técnica Naval con 63 estudiantes con el nombre de Escuela Técnica Naval. En ese mismo año, se crea el Destacamento Naval de Puerto Castilla, el cual toma la categoría de Base Naval el 01 de Julio de 1988 mediante acuerdo EMH-020.

El 01 de Septiembre de 1988, inicia operaciones el Centro de Reparaciones Navales en la Base Naval de Puerto Cortes. El 21 de Octubre de 1999, la sede del Almirantazgo ocupa las actuales instalaciones ubicadas en la aldea El Guayabal, carretera a las Tapias, F.M.

El 01 de febrero del 2000, se crea la Academia Naval de Honduras ubicada en la Ciudad de la Ceiba, Atlántida.El 01 de Abril del 2001, se funda el Primer Batallón de Infantería de Marina con sede en la Ceiba, Atlántida, mediante acuerdo EMH-044.

el 01 de Marzo del 2006, el Mando de la Fuerza Naval de Honduras decide elevar a la categoria de Base Naval al Apostadero Naval ubicado en la Barra de Caratasca a fin de fortalecer la seguridad marítima en el sector y fortalecer su lucha contra el narcotráfico y otras actividades ílicitas.

La Fuerza Naval de Honduras conmemora durante el presente año su XXXIII aniversario, por lo cual el personal naval se esta preparando para hacer gala de su porte, disciplina y de su formación en los actos alusivos a su fundación siempre al servicio de la sociedad hondureña.